Üstad’ın vefatından sonra memleket çapında huzursuzluklar, terör ve bozgunculuk hareketleri hız kazandı. Fesat ve bozguncu çeteleri, komünistler türlü türlü komplolar tertipliyorlar, nümayişler düzenliyorlardı. Yazar Münevver Ayaşlı’nın dediği gibi, sanki “Mânevi desteğini kaybeden Menderes Hükümeti” artık çatırdamaya başlamıştı.. Anlaşılan Bediüzzaman’ın ikaz mektubundan ders alınmamış ve O’nun haber verdiği gibi, “Halkçılar” memleketimizi senelerce geriye götüren 27 Mayıs 1960 İhtilâlini gerçekleştirmişlerdi. Üstad’ımızın ve umum Nur Talebelerinin endişesi maalesef haklı çıkmıştı.
İhtilâlin peşinden memleket çapında tutuklamalar başladı. Hapishanelerin kapıları açıldı. Kamplar kuruldu. Yassıada Mahkemesi ihdas edildi. Milletin seçtiği hükümet sadece feshedilmekle kalmadı, parlamenterleri uzun uzun sorguya çekildiler. Yaklaşık bir yıl süren peşin hükümlü mahkeme safhası sonunda, Başvekil Menderes ve Maliye Vekili Hasan Polatkan ile Hariciye vekili Fâtin Rüştü Zorlu idam edilerek mazlumlar halkasına dahil oldular.
İhtilalden kısa bir zaman sonra, Urfa’da Temmuz ayında Müslümanların yüreklerini sızlatan, insanlık dışı bir hâdise cereyan etti. Üstad’ımızdan hayatta iken korkan ve O’nu tarassutlar altına alan zihniyet, mübarek naaşından da korktu ve cesedini geceleyin gizli bir askerî uçağa koyarak, bilinmeyen bir diyara götürdü…
